Программа - не дом, а ЧЕРТЕЖ дома. Дом - это то, что программа делает.

И да, именно так, оставляют видимое пользователем, а остальное меняют. Потому что для видимого пользователем есть тесты. Которые позволяют удостовериться, что измененная внутренняя структура ничего не испортила.