"Только в Берлине" это цитата. Полностью предложение выглядело так: "Также забыто, что обычная немецкая государственная школа обычна только для федеральной земли Берлин и в других землях религия - чистый факультатив, на который дети идут по желанию родителей. " Я считаю, что изменение падежа и пропуск "федеральной земли" смысла фразы не изменило.

Ну и вообще, твое представление об уроках религии даже и не знаю на чем основано. Никакие "попы" уроки не ведут. В баварской гимназии католическую религию ведет учительница латыни. Евангелическую религию ведет учительница английского. Этику ведет учительница географии.